台北市檢方起訴鄭文燦，起訴書長達38頁、近10萬字，涉及貪污收賄和洩密等案件，顯示檢方對此案進行了充分的偵查準備。然而，此案經過七年的偵查，期間兩度簽結且多次聲請搜索皆遭法院駁回。直到鄭文燦遭羈押禁見後，檢方才在台北居所扣得678.5萬現金。在打羈押攻防戰中，檢方更掌握到串證嫌疑，並緊急進行搜索，最終將鄭文燦收押並起訴。
據報導，鄭文燦案件的檢察官陳嘉義在7月初和鄭文燦的律師團在法庭上進行了短短6天的羈押庭辯論後，最終逆轉結果將鄭文燦收押。在此之前，檢方曾多次聲請搜索，但均碰壁，甚至掌握到鄭文燦將應訊內容傳給秘書，涉嫌串證。在逕行搜索後，檢方於7月11日將施彥廷住家搜出88萬元。案發後，鄭文燦案件經過兩度簽結、五度駁回搜索聲請，最終憑藉緊急逕行搜索成功起訴。
桃園市議會議員詹江村對於案件表示：「到底是誰在阻撓搜索，又是誰給鄭文燦通風報信，司法機關都有必要給社會大眾一個交代。」據報導，多次護著鄭文燦的律師游琦俊也被查出涉嫌洩密，將取得的羈押聲請書轉交給鄭文燦的施姓施彥廷。整個案件顯示了檢方整整七年的蒐證工作，經過緊急逕行搜索才成功起訴鄭文燦。
